龙虎塔建筑自身也显示了这段历史的实际情况:塔基、塔身为石制构件,且装饰有精美的雕刻,但塔顶却为砖砌砖筑,其风格也与唐朝径庭,颇多宋朝的样式。这种唐代身躯宋式帽的组合,再次表明该塔的命运与政治相关,是武则天的后裔们终止了这座建筑的修筑,使其成为“半拉子工程”。
和龙虎塔时代相同的还有一座石塔,除了体量小之外,基本形制和龙虎塔大体一样,因此被人们称为“小龙虎塔”。小龙虎塔原来不是神通寺的遗物,而是从距此不远的另一座寺院“皇姑庵”迁移过来的。据塔身东面题记,该塔建于唐开元五年(717年),距武则天去世仅12年,也是唐玄宗尚未来得及大事道教的时期。初唐时期,济南的皇姑是唐太宗的女儿南平长公主,因其驸马刘玄意出任齐州(今济南)刺史而移居济南。南平长公主是唐高宗的姐姐,也是武则天的大伯姑,是唐中宗、显宗的姑姑,因此,神通寺附近的这座“皇姑庵”很可能与南平长公主有关,或是她出资修建,或是后人所为。从该塔精湛的雕刻技艺和皇姑庵发现的其他唐代雕刻可以看出,其水平具有皇家气派,应该也是皇族所为。
皇姑为神通寺所做的另一大贡献是和驸马及其弟弟赵王李福分别为唐太宗雕造的佛像,这些摩崖造像不但丰富了沙栋和明德的事业,使千佛崖规模不断扩大完善,而且也使其造像艺术提高到了皇家的水准,让我们在时隔千年之后,得以领略皇族级别的造像风采。
与龙虎塔的“孪生”相同,四门塔也有一位“克隆”形象,这就是“送衣塔”。送衣塔的形制和四门塔极为相似,只是少开了东西北三个门而已。送衣塔演义的是“孝女故事”。据记载,明朝时期,一位官员因年事已高,且又不肯与当权者合流,遂愤然出家,在神通寺挂单做了和尚,其女为了照顾老父,也毅然随父剃度,在神通寺相邻的“涌泉庵”出家做了尼姑,并一边修行,一边照顾老父。因囿于时尚的限制,孝女给老父拆洗的衣物不能亲自送到寺庙里边,只好在寺庵交界处修造了一座石塔,定期把拆洗或缝补好的衣物寄存在塔内,由老父的弟子们取走。同样,如老父有脏或破了的衣物,也送至塔内,由孝女取走去浆洗缝补,直至老父圆寂归天。此后,该孝女仍长期定居于涌泉庵,并成为一代主持,她就是法号为“明喜”的庵主。
另外,在神通寺遗址东侧青龙山上,还矗立着一座宋代的石塔,俗称“小宋塔”,有题记表明该塔的年代是北宋“绍圣五年”,即1098年。
1998年,当联合国教科文组织的专家视察了神通寺遗址后,对其文化内涵和保存状态给予了很高的评价,称其为保存“最好的佛教遗址”。如今,神通寺遗址已经被当地政府划定为“四门塔风景名胜管理区”,提升了管理和保护的水平